其实，刘重元很早就多次向朝廷提议，鼓励各地在乡大臣大办团练，以便协助明军剿灭流寇。以各州府县乡的团练为密密麻麻的渔网，以机动清剿的明军为渔夫，以保境安民的团练限制流寇的机动，以追剿的明军追捕流寇。这样一来，流寇最大的优势“流”字也就化为无形。且不说刘重元记得的后世清末，以湘军、淮军为代表的团练武装镇压了太平天国运动，为大清续命五十年；就说当下威名赫赫的李自成，最终怎么死的？不是死于明军，不是死于清军，居然是死于名不见经传的九宫山团练之手。
团练武装不需要有多强的战斗力，只要能够一段时间里抵挡住流寇的肆虐，不要让流寇抢到粮食，不要让老百姓被流寇挟裹壮大流寇的力量；团练修筑坞堡保境安民，一座座的坞堡成为阻碍流寇流动的堤坝，让流寇野无所掠日渐衰弱，甚至都不需要官军的清剿就自行灭亡了。
团练武装也不需要朝廷的衣食粮饷，出于对流寇的恐惧，地方士绅也会拿出粮食、银子来建团练保境安民，这种不费一钱而增百万兵的办法多好啊！
好处讲了一箩筐，可是无论是皇帝还是内阁和兵部，都对刘重元的提议投了反对票，前年流寇肆虐之时，刘重元再度提起团练一事，还遭到了杨嗣昌的严厉训斥。
为什么呢？这就要提到中国历朝历代的一个特点了，那就是总结前代得失。历代王朝鼎革之后，都要审视和总结前代灭亡的教训以便本朝鼎祚绵长。
汉朝刘邦百战定天下，总结秦亡的教训，一是劳民太过，修建始皇陵、阿房宫和长城，北逐匈奴南灭百越，天下的百姓劳役无度怨秦久已，所以汉初从太祖、惠帝、文帝到景帝四代皆轻徭薄赋与民休息。二是不行分封，不分封宗室则赵高乱政无人能够制止，陈胜吴广起义乃至六国复国，也没有藩国能够护卫，所以，汉高祖在翦除了异姓诸侯王之后立即大封宗室，将天下郡县一大半都分封给自己的兄弟子侄以卫护朝廷。
其后的三国、隋、唐、宋、元等朝代，无不在立国之初总结前代教训来制定本朝的国策，这些总结或对或错，或歪打正着，或功亏一篑，人力有时尽天意不可违，有的时候总结的再好，后世子孙不争气怎么也是白搭。
那么大明在取代元朝之后汲取了什么经验教训呢？其他的且不说，其中就有一这么一条。
元末，刘福通等汉人大起义，元廷无力镇压，因此就允许地方豪强自己办团练，打击各地风起云涌的红巾军，元末几大军头例如扩廓帖木儿、李思齐等都是地主团练发展壮大起来的。可惜，这些私人武装强大之后，不仅不去剿灭红巾军，反而相互攻杀争抢地盘，强大如扩廓帖木儿甚至拥兵进京介入皇位之争，若非太祖北伐大军来袭，扩廓就是有一个狭天子以令诸侯的曹操了。
正是看到元末兴办团练的教训，朝廷认为放任地方团练就会造成地方割据、用兵自重，给野心家以壮大的空间，流寇很可怕，但那只是伤筋骨；一旦豪强崛起，那可就是腹心之患了。
其实这个认识也不能说错，纵观中国两千多年的封建历史上，农民起义匪寇作乱历朝历代此起彼伏，王朝末年也能制造出惊天动地的骇浪，从而动摇王朝的根本，但是，纵观历朝历代笑到最后从来都不是农民或者匪寇，在王朝根基动摇的缝隙中，往往都是地主豪强借助镇压农民起义和匪寇作乱从而完成实力的原始积累，从而成长为取代王朝的新一代太祖，这样的例子不胜枚举。
陈胜吴广起义起义摇动了秦朝的根基，但是最终消灭秦军主力的是楚国贵族出身的项羽，最终取代大秦的是来自楚国的落魄贵族刘邦，建立了统一的汉王朝。
汉末黄巾军大起义，汉庭为了镇压授予各州州牧全权，最终是黄巾军烟消云散，宦官之后曹操狭天子以令诸侯，其子曹丕篡汉建魏。
秀荣豪强尔朱荣镇压葛荣领导的六镇大起义，成为北魏的曹操，虽然最终被暗杀。
隋炀帝好大喜功惹得天怒人怨，满天之下皆反，但是最终代隋而立的既不是瓦岗寨也不是窦建德，而是他曾经的臣属兼表弟李渊。
当然唯一的例外就是本朝太祖皇帝，是以红巾军一员完成驱逐鞑虏恢复中华的伟业。但也要看到，随着刘福通起义的被镇压，元庭扶持的地方武装势力扩廓帖木儿、答失八都鲁、李思齐等已经成长为大军阀，割据自雄相互攻杀争抢地盘，若非太祖遣徐达大将军提大兵北伐，恐怕他们中某一个就会篡元而立。
正是看到元末地方武装崛起的后患太重，皇帝和朝廷才对扶持地方武装鼓励团练剿灭流寇的政策充满了疑虑。所以，当刘重元的同乡、前甘肃巡抚梅之焕组织乡勇修筑坞堡保卫麻城，让流寇从未进犯一步，朝廷即使是最危难的时候也只是荫封他一子为锦衣卫千户，而不让他领军出麻城清剿流寇。
虽然了解到皇帝和朝廷的这些忧虑，但是刘重元仍然不想放弃，他始终认为，仅靠正规官军的努力是无法彻底清剿流寇的，而且在北方时刻面对后金侵略的情况下，大力发展团练也有助于抵抗后金。
于是刘重元恳切的说道：“皇上，《贞观政要》说：水可载舟亦可覆舟。任何一项政策都有优点也有缺点，执政者当权衡利弊应时而用。往昔，太祖高皇帝明文规定：宦官不得干预政事，预者斩，并悬铁牌于宫门前。然则，成祖皇帝倚重宦官，监军边军，七下南洋，建立东厂，几位宦官都立下了赫赫功勋。先帝任用魏忠贤祸乱天下，皇上你任用宦官则尽忠职守。”
说到这里，崇祯难得的脸一红。一贯言必称太祖的他如何不知道太祖对于宦官的厌恶，而当他登基三个月就将权倾一时的魏忠贤处死之后，他也明确的宣示中外停止宦官弄权，召回在外的镇守太监、监军太监等；哪知乙巳之变后，对文臣武将失望透顶的崇祯又重新启用宦官，甚至更加的变本加厉。
“可见，同样的政策不同的人用会产生完全不同的效果，元顺帝荒淫腐朽不理朝政，甚至与其太子兵戎相见，其大臣拥兵自重相互攻杀岂非寻常事？而陛下你勤政爱民宵衣旰食，我等臣子恨不得不眠不休为陛下扫荡寇虏，何来狼子野心的贼子。即使有一二居心叵测之人，胆敢行扩廓帖木儿之事，天下群臣何人会依附？届时，恐怕不需朝廷出兵，其他的团练就会群起而攻之，为陛下锄奸去恶。”
刘重元的话让崇祯不由心动，是啊，皇兄任用宦官搞得天怒人怨，而自己任用宦官就得心应手，想用就用说废就废全在一心。即使放开地方团练自己也能掌控自如吧。
见崇祯有所意动，刘重元立即趁热打铁，大谈团练的好处。正常状态下，一座县城只有县令、县尉、主簿等几个官员，数十名吏员以及衙役数百人，维持县城治安尚可，县城外的乡野都需要地方乡绅治理，一旦有数百人上千人的盗匪，县城就抵挡不住，沦陷之后的县城就成为盗匪的物资补充基地和新兵招兵处，原本弱小的盗匪就会像滚雪球一样发展壮大。
而一旦大办团练，在在皆团，处处皆练，即便是一乡一寸都有抵抗的堡垒，即使不能完全抵挡盗匪的袭击，至少也能让盗匪付出一定的伤亡，同时也延缓盗匪的机动速度。
随后，刘重元又详细解释了关于大办团练的方略。首先如何办团练？刘重元建议皇帝，在直隶、山东、河南、陕西、湖广、江北、四川和陕西这几个遭受流寇、东虏侵袭比较严重的行省大办团练，命令这几个省的在乡、退休官员办团练，组织乡里保卫本乡本土免遭寇虏侵袭；鼓励这几个省有举人、秀才功名的士绅领头办理团练保家卫国。
办理团练需向本省巡抚衙门报备，需接受巡抚军令，不得相互攻袭，不得发展超出防寇需要的兵力。团练之间，互为声援；贼来则战，去则耕；贼近则守，远则出击。若有剿灭寇匪的军功，经巡抚上报，朝廷超擢奖励，任官与爵不吝封赏。
团练如何制约？刘重元认为团练主要以守卫本乡本土为主，不让寇匪劫掠于野。若有领军才干又激于忠义，能够主动出击消灭盗匪立有大功，朝廷也应当实授其官位，将战斗力强的团练纳入朝廷经制之师的范畴。
侃侃而谈，条理清楚，既用且防，这样一条简单的建议就在刘重元的口中形成了一整套完整的政策，让崇祯十分信服，当即赞许的说道：“刘爱卿不愧是朕的肱股之臣，这团练一事上深思熟虑、算无遗策，朝廷依言施行当可收大效。”
皇帝的认可让刘重元长出了一口气，只要团练问题解决了，流寇的问题也就解决了大半。随后，刘重元又简要的阐述了自己的战略，以及关于五省的人事问题的思考做了汇报。
直到日落西山，太监们进来点上蜡烛，皇帝这才惊觉陛辞已经持续了两个多时辰，而殿中众人肚子已是饿的呱呱叫。对于刘重元的胸有韬略皇帝十分满意，当场传旨，赐予刘重元尚方宝剑，副将以下听其专杀，以重其威权。之后，皇帝又命令赐宴，留两位阁老及刘重元用膳，宠荣之重令人艳羡。