刘重元正式开始办理公务，虽然在兵部，对于地方尤其是军镇十分了解，但是打开熊文灿移交兵马花名册一看，眉头紧皱。花名册内开列总理节制的官兵丁健共一万零八百二十二名，马骡七千三百七十五匹头。其中左良玉部五千、陈洪范部二千、云南副将龙在田部一千，直属总理麾下的直属标兵不过二千八百余，马一百四十余匹。当然这只是纸面上的编制数字，像左良玉所部，刘重元就知道肯定不止五千，至少有两万余人，如果加上归其指挥的投降流寇曹威、马进才、于汝虎等部，估计有五六万人之多。
而其他投降的各部流寇则高达数万人之多，其中最多的是张献忠所部，有兵丁一万一，屯田耕种的一万八千；顺义王有一万多人，其他刘国能、刘士杰所部五千。
看的刘重元头顶直冒冷汗，这招降的流寇数量远远多过官军数量，尾大不掉，虽是有可能遭到流寇的反噬。
目下归刘重元节制的军队还有河南巡抚常道立所部五千多人；湖广巡抚方孔诏所部五千多人；郧阳抚治王鳌永所部六千；偏沅巡抚陈睿谟所部四千；湖广总兵钱中选所部五千，专护承天祖陵；四川巡抚傅宗龙所部五千多人，四川总兵罗尚文所部五千多人；山东巡抚颜继祖三千多人，山东总兵倪宠所部四千多人。这些军队按照诏令是负责剿灭各自省内流寇，同时各守各省边境防止流寇窜入的。因此刘重元只能战略上指挥，而不能实际管理。
这样算下来，刘重元麾下需要从他这里领取军饷的明军合计五万余人，月需饷银十万两。关键是这只是纸面上所需饷银，各总兵麾下超出的兵力且不去说它，单说投降的流寇有十万人左右，这些人朝廷是没拨一分钱的饷银，接受流寇投降整编成明军却不拨发饷银，首先从道理上就说不过去，皇帝不差饿兵呢！
从利害角度来说这种状态也不能持续下去，目下朝廷大军在侧其投降时日尚短还好，一旦朝廷大军北上抗击东虏，时日长了仍然没有饷银发下，这些投降的流寇缺衣少食之下一定会再次作乱。
这大明朝欠饷已经是常规操作了，从正统年间开始，边军欠饷已经成为了常态，欠饷数月数月、一年乃至几年的比比皆是，引发的闹饷、哗变、溃散乃至叛军的事件时有发生。
崇祯元年，直面东虏的辽东关宁军欠饷四个月发生兵变，兵变士兵冲进巡抚衙门，把辽东巡抚毕自肃、总兵朱梅劫持到宁远城中的制高点谯楼之上，亮出刀剑，逼着毕自肃等人发饷。这毕自肃还是当时户部尚书毕自严的弟弟，就这样其麾下的关宁军还能欠饷。索性当时东虏没有进攻，之后袁崇焕及时赶到补发了军饷，平息了兵变。
崇祯二年三月，蓟州又爆发了兵变，蓟州镇官兵本已经欠饷八个月，顺天巡抚王应豸还要响应皇帝裁减军费的主张，逼迫官兵捐献军饷，从而激起大规模的兵变，王巡抚一边筹集军饷分发，一边调集军队镇压，死伤惨重之下才平息了兵变。而当年十月，东虏就是从蓟州边墙突破进入京畿，酿成了乙巳之变。
崇祯四年，孔有德率领的三千东江辽军平日里本就欠饷，又被朝廷征发到辽东救援大凌河，行至吴桥，因为士卒冻饿交加投了当地士绅一只鸡被处以军法，从而引发兵变，辽军返师进攻登莱，挟裹孙元化以西法练出的火器部队一起作乱，乱军席卷整个山东，朝廷被迫从各地抽调援军平叛，接过反而节节败退，无奈之下又从辽东抽调精锐关宁军入关平叛，一直持续到崇祯六年叛乱才告平息，乱军也没有被完全消灭，孔有德、耿仲明率军出海北上辽东投降了东虏，被封为王。从此东虏有了比大明更精锐的火器部队。
这仅仅只是崇祯年间几起最大的欠饷引发兵变，其他小规模的更是数不胜数，就连流寇蜂起肆虐，其中边军欠饷也有很大一部分原因。说是农民军，当真是农民吗？农民懂得怎样攻城略地？农民懂得行军打仗？不是的，流寇虽然大部分是挟裹的农民，但是核心武力仍然是欠饷兵变的边军。张献忠、李自成等领袖全都是边军出身。
哎，这么多年仍然是记吃不记打，还是在欠饷，真不知道这大明朝收那么多的税都用到哪儿去了？
无奈之下，刘重元只好在写奏疏，讲明当下中原官军欠饷情况，以及近十万投降流寇无一分饷银的危险，一旦因为闹饷再次叛乱则前功尽弃矣。
刘重元建议，在保障正规官军饷银的基础上，也要按比例拨付一部分饷银给投降的流寇，拨付的原则是对朝廷越恭谨拨付比例越高，例如刘国能、刘士杰所部，朝廷命其解散老弱归田务农其立即裁军只剩下数千人，朝廷令其率军进攻其他流寇其也拼命作战，这说明刘国能和李万庆已经幡然悔悟改过从新，朝廷应当大加鼓励诚心接纳以为其他流寇的榜样，所以一方面加官进爵，一方面也要为其供应粮草，比例逐渐身高直至完全按照官军标准。
而像张献忠这样投降之后仍然心怀异志，拥兵数万既不裁撤也不接受朝廷诏令的，当然不能拨付军饷，不仅不能拨付军饷，还要想办法阻止其获得军饷，以软刀子逼迫其裁军。
刘重元还请求朝廷，若果是国事艰难筹饷困难，请求朝廷允许自己想办法筹集军饷。具体办法如：”在汉水、长江等商路上设卡收取一些商税；组织流民屯田、开荒、开矿、做工去赚钱；发卖空置官营田亩、矿山等产业的租赁权等等等等。虽然可能赚取不多，但也算是聊胜于无；虽然于祖宗家法等不合，但是当下军情要紧，事且从权，待海内太平定当废除。
刘重元自陈自己在军事方面尚有些认识，于会记、经济一无所知，为了保障粮饷后勤源源不绝，不延误国家的剿贼大计，他还提议设立巡抚山东、江北、河南、湖广和四川五省粮饷一职，专司负责剿贼大军的粮饷、军械补给，并保举翰林院侍读蒋德璟出任长史，称赞蒋德璟学识渊博、实心任事，才干百倍于自己，有他督理粮饷，定可保剿匪大军足食足饷。
奏折中，刘重元还指出历朝历代出征大军、封疆大吏都有佐贰之官负责粮饷后勤，秦汉有将军长史，唐宋有转运使负责。有专职的官员负责这些事情之后，自己就可以专心致志于剿匪了。
梳理完兵马钱粮事宜，刘重元才开始一一接见主要军政下属，首先便是湖广巡抚方孔炤。方孔炤是万历四十四年二甲进士，比起刘重元那算是科场老前辈了。此刻虽然是下属之位，但是端坐于侧丝毫没有居于下位觐见上官的模样，刘重元也是晚辈的姿态谈事。而且方孔炤从崇祯六年其担任湖广巡抚，至今已有五年，这在快速更替的崇祯官场也算是一大异数了。
随着大股的流寇逐渐平定，当下还在活跃的流寇主要有罗汝才、惠登相等九营在内乡、浙川一带与官军周旋，其众虽有五六万人，但已是日暮途穷，最近正在频频联络左良玉、熊文灿乃至襄阳道宋一鹤想要投降，只是条件还没有谈拢。同样如此的还有过天星、射塌天等六部流寇同样在商谈投降。这两部的投降目前都由监军道张大经在具体详谈。熊文灿在交接的时候特意嘱咐刘重元要小心谨慎，万万要约束各部官军，不要在逼反了准备投降的流寇。
当下仍然在负隅顽抗的流寇除了在西北与洪总督鏖战的闯将李自成部之外，只剩下盘踞在东面的太湖、潜山一带的革左五营，也就是马守应、革里眼、左金王、刘希尧和蘭养成五部，约有四五万人，其利用湖广南直隶之间的大别山与官军周旋，势力虽大却已成为坐寇，并不被朝廷和前方大员们所重视，不过随着其他大股的流寇或剿或降，大员们的注意力也即将转移到这里，大批的官军以及投降的流寇逐渐调往东部准备剿灭革左五营。
原本方孔炤的重心也准备转到东部，率部围剿革左五营，现在接到东虏即将入寇中原剿匪军即将北上勤王的消息，顿时忧心忡忡。希望刘重元与其联名上书，恳请朝廷留下部分主力，以镇压尚不稳定的局势。
刘重元详细的向方孔炤介绍了自己以及杨嗣昌商量的，关于中原剿匪军北上勤王后中原的局势。听闻准备将投降流寇挟裹北上，方孔炤先是连呼大妙，稍稍思索片刻又摇头说道：“此计妙是妙，但是要实现恐怕有很多困难！”
刘重元连忙说道：请老前辈赐教。
方孔炤一边思索一边端起茶杯喝了口水，然后慢慢说道：“如今投降的流寇，像刘国能所部，诚心归附朝廷，朝廷诏令一下，再晓以大义，当能够服从诏令北上勤王。然则像张献忠、曹威、马进才之流，贼性难改，只是一时迫于朝廷军事压力而投降，既不接受朝廷诏令也不裁撤大军，这哪是投降，这明明就是获取喘息之机。”
说道这里，方孔炤恨恨的一拍桌子，愤恨之情溢于言表。但凡是对流寇有所了解的人，都清楚张献忠的投降是假投降。张献忠在谷城训卒治甲杖，不放兵、不应调、不入见制府，骄不奉法，屡屡向朝廷索要军饷索要高官厚禄。谷城知县阮之钿度张献忠必反，屡屡上书告知熊文灿和朝廷，左良玉向朝廷上书张献忠伪降，方孔炤更是八次上书朝廷言张献忠必反，就连京城里杨嗣昌和刘重元也无数次向皇帝进谏剿灭张献忠。奈何皇帝沉溺于张献忠投降流寇之祸即将平息的虚幻不肯自拔，坚持要接受张献忠的投降。方孔炤当然不能骂皇帝，只好大骂撺掇着张献忠投降的熊文灿。
刘重元笑了笑跟着附和几句，大赞方孔炤明见万里。这人啊，要么聊起共同的爱好，要么一起骂讨厌的人和事，总能迅速的聊到一块儿，聊着聊着就成朋友了。
一起骂了好一会儿，方孔炤才言归正传，类似张献忠这种狡贼，这驱虎吞狼、借刀杀人之策如此明显，定然一眼就能看穿，肯定不可能听令率军北上去打如狼似虎的东虏的，只要稍稍逼迫肯定就反了，反了也就反了，但如果是中原剿匪官军主力北上勤王的时候反，那中原可就又要被荼毒了。
而且一旦张献忠造反，朝中的御史言官们定然要弹章叠至，刘重元这个始作俑者恐怕不会有好下场啊！
早就胸有成竹的刘重元当然考虑到这一切，当即问道：“老前辈连上八章反对招安张献忠，言其将来必反。这八道奏疏晚辈都一一拜读，深有感触啊！老前辈这番认识当不是虚言惑君吧？”
“当然不是，张献忠伪降，那是司马昭之心路人皆知，我恐怕就连那熊文灿心里都是明白的，要不然怎么迫不及待扔下这幅烂摊子给你呢？”
刘重元哈哈大笑，丝毫不以烂摊子着急，为熊文灿转颊两句之后，刘重元珍重的说道：“老前辈抚楚多年，在我大明是对流寇最熟悉的封疆，老前辈你说张献忠必反，那张献忠就肯定会反，只是时间早晚而已，晚辈毫不怀疑。晚辈只是在想，既然迟早要反，何妨迫其在我们最有利的时候反呢？”
“哦？”方孔炤眼睛一亮，悄声问道：“计将安出？”
与方孔炤商谈一上午之后，刘重元连续接见了左良玉、刘国能等将领，一一晓以忠义、劝以利害，鼓励他们勤于王事、操练士卒、再接再厉以利再战。